Mit wechselnden beidseitigen (bipolaren) Sinnesreizen (z.B. Augenbewegungen mit rechts-links Kombination, Antippen der Hände, ...) werden neuronale Netzwerk-Prozesse in Bewegung gesetzt und bringen die Verarbeitung und Integration traumatischer Erfahrungen wieder in Gang. So kann sich der Patient dem auslösenden Ereignis annähern ohne von den belastenden Gefühlen überflutet zu werden.

Vor jedem EMDR-Prozess ist es notwendig den Patienten zu stabilisieren und zu stärken (durch existenzanalystische Methoden). Ebenso wird mit dem Patienten ein Zeichen vereinbart, damit er den EMDR-Prozess jederzeit stoppen kann, wenn ihm die Belastung zu groß werden sollte.